Музей створений працівниками Борщівського обласного краєзнавчого музею майже 20 років тому як один із структурних його підрозділів.
Підземний музей постійно удосконалюється та перетворюється на туристичний магніт України.
Сьогодні тут створено нові експозиції, здійснено електрифікацію. Для зручності пересування по підземеллі на екскурсійному маршруті облаштовано кам’яні доріжки.
Сьогодні печеру-музей, окрім звичних мандрівників, відвідують і українські воїни, які проходять реабілітацію на Тернопільщині.