Народився владика 16 квітня 1947 рроку. Навчався у Львові та Ризі, де після закінчення місцевої семінарії 26 травня 1974 року прийняв священичий сан.

У 1974—1991 роках був парохом у Кременці, опікувався також вірними у Борщеві, Голозубинцях, Китайгороді та в Кам'янці-Подільському.

Єпископський сан прийняв у 1991 році, ставши Львівським єпископом-помічником. У 1998 році папа Іван Павло II призначив єпископа Маркіяна Трофим'яка ординарієм Луцької дієцезії.

24 липня 2012 року Папа Римський прийняв зречення Маркіяна Трофим'яка з уряду ординарія Луцької дієцезії.